کریم باقری کلا اهل جنجال نیست و ترجیح می‌دهد تمام ذهن خود را معطوف به متن کار بکند اما با این وجود گاهی اوقات مصاحبه‌هایش بسیار جنجالی می‌شود و اتفاقا وقتی حرف می‌زند از جمله افرادی است که اهل پس گرفتن صحبت‌ها و تکذیب گفته‌هایش نیست.

بازیکن سرشناس تیم ملی در سال‌های نه‌چندان دور که تا همین چند ماه قبل مربی پرسپولیس هم محسوب می‌شد، روز هفدهم آبان ماه سال ۱۳۸۹ مصاحبه بسیار جذابی با خبرورزشی کرد و به نکات جالب توجهی اشاره کرد که هنوز هم پس از گذشت ۱۳ سال خواندنی محسوب می‌شود. آقاکریم در بخشی از آن مصاحبه به حضورش در جمع بازیکنان پرسپولیس برای اولین بار اشاره کرد و گفت: اواسط دهه ۷۰ وقتی برای نخستین مرتبه به پرسپولیس پیوستم، خیلی‌ها در تمرین این تیم من را چپ چپ نگاه می‌کردند چون قرارداد ۲۲میلیونی من با این تیم سر و صدای بسیار زیادی راه انداخته بود.

او همچنین مدعی شد هیچ مشکلی با علی دایی ندارد و بحث مربیگری با رفاقت کاملا جداست. باقری آبان ماه سال ۸۹ معتقد بود اگر به دایی فرصت کافی داده شود می‌تواند پرسپولیس را قهرمان لیگ برتر بکند. البته پرسپولیس در آن فصل قهرمان لیگ نشد اما کاپ جام حذفی را بالای سر خود برد.

کریم باقری همچنین به داستان بازی ایران و استرالیا در ملبورن هم اشاره کرد و ادامه داد: با توجه به اتفاقاتی که پیش آمده بود، تمایلی نداشتم تا در آن مسابقه حاضر شوم حتی اصرار داریوش مصطفوی هم برای عوض شدن نظرم موثر واقع نشد اما مدیرعامل وقت باشگاه آرمنیا بیلفلد که در آن مقطع بازیکن این تیم بودم، تاکید کرد  باید حتما در آن مسابقه باشم و به همین خاطر این ملی‌پوش خودش را از اروپا به استرالیا رساند و اتفاقا گل اول ما را هم در آن بازی زد.